定風量系統（設補風）：除投資方面省卻了自動控制系統，但由于動力設備都是按初建設時滿負荷設計和實施的，風機設備及管道的初投資較變風量系統高，但整體初投資還是較低。方案設計、實施簡單，但實驗室環境差、噪音大、能耗大。
變風量系統：增加了變風量控制系統的初投資，但由于變風量系統利于參差性設計（通風柜同時使用率）使得空間占用和動力設備配置相對減小，可節約部分土建建設成本及風機設備和通風管道的初投資，但整體初投資還是相對較高。
2.系統的控制管理：
定風量通風系統：通常沒有自動管理設備，由于有害氣體是觀察不到的，實驗人員甚至無法知道通風柜是否正常排風，實驗室負壓是否正確，風機等設備出現故障也不能第一時間發現，造成安全隱患。
變風量通風系統：采用自動管理設備，每個通風柜上有監視器，實時顯示通風柜的運行狀態及當前面風速，操作人員一目了然。系統出現不正常狀態或故障時自動調整及發出報警，提高安全性及更合理利用資源。
3.系統的靈活性：
定風量通風系統：動力設備都是按初建設時滿負荷設計和實施的，空間占用（通風管道）和動力設備（風機、動力站）都是最大配置且固定。當系統需要擴建時，原有動力設備都需要更換或增加，影響大，靈活性差。
變風量通風系統：利于參差性設計（通風柜同時使用率）使得空間占用和動力設備配置相對減小，可節約部分建設成本。并且當系統小規模擴建時，同樣可利用變風量系統參差性，雖然通風柜數量增加，但同時使用率比原來降低，所以不必更換或增加原有動力設備，靈活性好。
因此變風量控制系統對于實驗室的安全性、環境、節能方面能夠有效改善，在上世紀中期歐美國家已普遍采用，已是很成熟的一套技術方案。目前在國內采用變風量系統在外資企業大中型實驗室已是慣例，而國內企業的新建中央實驗室取代普通傳統的定風量排放方案已成為趨勢，都陸續采用了實驗室變風量整體控制系統，并收到明顯的成效。